A Yonaguni egy kicsi ősi póni Japán dél-nyugati szigetéről. 1996-ban körülbelül 75 Yonaguni póni élt a keleti és északi farmokon a Yonaguni szigeteken. A nyugati oldalra helyezték át őket a Yaeyama szigetre.
Köztudott, hogy eredetéről kevés információ van. A lovak Japánban általában két csoportra vannak osztva, a nagy példányok Hokkaido-ból és a kicsi egyedek Yonaguni-ból származnak. Sok ember gondolja azt a kis lovakról, hogy a Jyomon korszakban keletkezetek a déli szigeteken körülbelül 2000 éve.
Professzor Ken Nozawa a Kyoto egyetemről kereste ezt a karakterisztikus gént mely összefüggést mutat a Cheju fajtával, ami egy Koreai fajta.
Rendszerint sárga, vagy pej. A fej nagy, jól elhelyezkedő szemekkel, aránylag kicsi fülekkel; a nyak rövid és vastag; a váll tiszta; a hát hosszú; a far gyakran teljesen vízszintes magas faroktűzéssel; a hátulja vékony; a lábak gyakran szélesedőek; a paták függőlegesen hosszúak és nagyon kemények. Ez a póni "úr" a természetesben, nagyon erős és kitartó.
A régi időkben minden családban volt egy ló, szállító vagy fogatló. Ma a Yonaguni-ból csak néhányat láthatunk a farmokon. Mára már értékes kutlurális kincs.